Het Model Informatieprotocol kan op twee manieren worden gebruikt:
Beide vormen van gebruik hebben voor- en nadelen. Voordeel van de eerste vorm is dat de contractuele bepalingen met betrekking tot BIM overzichtelijk bij elkaar staan en door de Opdrachtnemer eenvoudig kunnen worden doorgezet in zijn contracten met eventuele adviseurs en onderaannemers. Nadelen zijn dat digitale informatie-uitwisseling wordt verbijzonderd, terwijl het meer en meer normale praktijk wordt en dat er tegenstrijdigheden kunnen ontstaan tussen het Informatieprotocol en andere contractdocumenten.
Voordeel van de tweede methode is dat digitale informatie-uitwisseling mogelijk minder wordt beschouwd als een bijzonderheid waarvoor aparte juridische bepalingen nodig zijn, maar meer als een vanzelfsprekend onderdeel van de totale projectopdracht. Nadeel is dat de bepalingen minder eenvoudig zijn door te zetten naar contracten met adviseurs en onderaannemers. Daarnaast is het onzeker of alle aspecten van digitaal samenwerking en digitale informatie-uitwisseling goed en in onderlinge samenhang worden geborgd in de contractstukken. Bovendien is digitale samenwerking in grote delen van de sector nog wel zodanig nieuw, dat wat extra focus op de contractuele aspecten in de vorm van een apart Informatieprotocol voorlopig nog raadzaam kan zijn. De gebruiker van dit Model dient zelf de afweging tussen beide vormen van gebruik te maken.